Năm ấy, vua Lý Thánh Tông 40 tuổi chưa có con trai nối dõi nên về chùa Dâu cầu tự. Vua và quần thần vãn xem phong cảnh trong vùng, chợt thấy trong ngày hội vui, mà trên nương vẫn có một người con gái vừa hái dâu vừa hát, vua vời xuống hỏi sự tình. Thấy Lê Thị Yến bội phần xinh đẹp, lại đối đáp lưu loát, vua cảm mến đưa về triều, rồi phong làm Nguyên phi, cho xây một cung riêng, đặt tên là cung Ỷ Lan để nhớ lại sự tích cô gái tựa gốc cây lan buổi đầu gặp gỡ.
Khác với các hậu phi, Ỷ Lan không lấy việc trau chuốt nhan sắc, mong chiếm được tình yêu của vua mà quan tâm đến hết thảy mọi công việc trong triều đình. Ỷ Lan khổ công học hỏi, miệt mài đọc sách, nghiền ngẫm nghĩa sách nên chỉ trong một thời gian ngắn, mọi người đều kinh ngạc trước sự hiểu biết uyên thâm về nhiều mặt của Ỷ Lan. Triều thần khâm phục Ỷ Lan là người có tài. Một lần vua Lý Thánh Tông hỏi Ỷ Lan về kế trị nước, Ỷ Lan tâu : "Muốn nước giàu dân mạnh, điều hệ trọng là biết nghe lời can gián của đấng trung thần. Lời nói ngay nghe chướng tai nhưng có lợi cho việc làm. Thuốc đắng uống khó chịu nhưng chữa được bệnh. Điều hệ trọng thứ hai là phải xem quyền hành là một thứ đáng sợ. Quyền lực và danh vọng thường làm thay đổi con người. Tự mình tu đức để giáo hóa dân thì sâu hơn mệnh lệnh, dân bắt chước người trên thì nhanh hơn pháp luật. Nước muốn mạnh, Hoàng đế còn phải nhân từ với muôn dân. Phàm xoay cái thế thiên hạ ở nhân chứ không phải ở bạo. Hội đủ những điều ấy, nước Đại Việt sẽ vô địch."
Nghe Ỷ Lan tâu, vua phục lắm. Bởi thế, năm 1069, vua Lý Thánh Tông thân cầm quân đi đánh giặc, đã trao quyền nhiếp chính cho Ỷ Lan. Cũng ngay năm ấy, nước Đại Việt không may bị lụt lớn, mùa màng thất bát, nhiều nơi sinh loạn. Nhưng nhờ có kế sách trị nước đúng đắn, quyết đoán táo bạo, loạn lạc đã được dẹp yên, dân đói đã được cứu sống. Cảm cái ơn ấy, cũng là cách suy tôn một tài năng, nhân dân đã tôn thờ Ỷ Lan là Quan Âm Nữ, lập bàn thờ Ỷ Lan. Vua đánh giặc lâu không thắng, bèn trao quyền binh cho Lý Thường Kiệt, đem một cánh quân nhỏ quay về. Đến châu Cư Liên (Tiên Lữ, Hải Dương) hãy tin Ỷ Lan đã vững vàng đưa đất nước vượt qua muôn trùng khó khăn, giữ cảnh thái bình, thịnh trị, vua hổ thẹn quay ra trận quyết đánh cho kỳ thắng mới về.
Năm Nhâm Tý (1072), vua Lý Thánh Tông đột ngột qua đời, triều Lý không tránh khỏi rối ren. Nhưng khi Ỷ Lan trở thành Hoàng thái hậu nhiếp chính và Lý Thường Kiệt nắm quyền Tể tướng thì nước Đại Việt lại khởi sắc, nhanh chóng thịnh cường. Ỷ Lan đã thi hành những biện pháp dựng nước yên dân, khiến cho thế nước và sức dân đã mạnh hẳn lên.
Năm Đinh Tỵ (1077), Tống triều phát đại binh sang xâm lược. Để Lý Thường Kiệt rảnh tay lo việc trận mạc, Thái hậu Ỷ Lan đã bỏ qua hiềm khích cũ, điều Lý Đạo Thành từ Nghệ An về, trao chức Thái sư như cũ, để cùng mình điều khiển triều đình, huy động sức người sức của vào trận. Nhờ vậy, nước Đại Việt đã làm nên chiến thắng hiển hách. Quân giặc hùng hổ toan làm cỏ nước Đại Việt đã phải cam chịu thất bại, lủi thủi rút quân về nước.
Làm nên chiến thắng này, công Thái hậu Ỷ Lan thực lớn. Nhưng trong đời Ỷ Lan không phải không có tì vết. Sau khi vua Lý Thánh Tông qua đời, Hoàng hậu Thượng Dương dựa vào thế lực của Thái sư Lý Đạo Thành, đã gạt Ỷ Lan ra khỏi triều đình. Mãi 4 tháng sau, có Lý Thường Kiệt giúp sức, Ỷ Lan mới trở lại nắm quyền nhiếp chính. Bà đã bắt giam Hoàng hậu Thượng Dương cùng 72 cung nữ vào lãnh cung, bỏ đói cho đến chết. Vì tội trạng ấy, sử sách phong kiến đã xóa sạch mọi công lao của bà đối với dân nước, mà quên mất rằng, trong nghiệp làm chính trị, đó là chuyện thường thấy.
